海外旅行: 銀行に旅行を伝えておく

海外旅行を事前に銀行に伝えておくと、transactionに支障が出にくい。 'travel notice'でgoogle検索すると、公式twitterが出てきた。いわく、PNC bankの場合、Debit cardでログインして下記のようにタブをたどると、旅行を登録できる。 go to Cust Serv tab>…

ssh でjobをバックグラウンドで走らせる

$ ssh -Y xxxx@xxx.xxx.-------.xxx.edu $ cd$ bash$ source .bash_profile ..... これでbashが使える。 $ cd [some directory]$ nohup sh XXXXX.sh > out.log 2> err.log < /dev/null & ..... これでsshをログアウトしてもjobは走り続ける。

Mathematica をコマンドで走らせる

$ ssh -Y k*****@****.edu /Applications/Mathematica.app/Contents/MacOS/MathKernel リモートでMathematicaが使えるようになる。

gala インストール

$ pip install astro-galaCollecting astro-gala Downloading astro-gala-0.1.3.tar.gz (1.1MB) 100% |████████████████████████████████| 1.1MB 229kB/s Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): astropy in /usr/local/anaconda/lib/py…

sshでログインしてシェルを変更する

<目的> 大学のパソコンにsshで入ったのちに、bashに切り替える。そして、".bash_profile" の中でPATHが定義されているanacondaを使えるようにする。 (1)ログイン時のシェルを調べる % echo $SHELL/bin/tcsh === tcshであることがわかる。 (2)利用できるシェ…

mac Pro 初期設定 Anaconda emcee corner PyGaia GSL

(1) Anaconda インストールhttps://www.continuum.io/downloads - Download the graphical installer- Double-click the downloaded .pkg file and follow the instructions これで全部完了。 (2) emcee [事前準備][terminal] デフォルト:/bin/tcshを以下に…

Spotlightが容量を300GB使っている

急速にmac miniのデータ容量が減ってきたので、調べたところ、Spotlightが容量を300GB使っていることが判明。そこで、対象ファイルを削除した。 [step 1] $ df -h Filesystem Size Used Avail Capacity iused ifree %iused Mounted on/dev/disk2 1.0Ti 1.0Ti…

opencv をYosemiteにインストール

参考にしたサイト: http://www.mobileway.net/2015/02/14/install-opencv-for-python-on-mac-os-x/ (1) $ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" (2) $ brew update (3)$ brew tap homebrew/science …

TexShop でアメリカ英語・イギリス英語のきりかえ

TexShopにはスペルチェック機能が付いている。 アメリカの雑誌に投稿する論文はAmerican English、 イギリスの雑誌に投稿する論文はBritish English、 というようにするには、documentの文頭を以下のようにすれば良い。 アメリカ % !TEX spellcheck = en-US …

wget を Mas OS X Yosemite にインストール

wget を Mac OS X Yosemiteにインストール。 $ curl -O http://ftp.gnu.org/gnu/wget/wget-1.16.3.tar.gz$ tar -zxvf wget-1.16.3.tar.gz $ cd wget-1.16.3$ ./configure --with-ssl=openssl$ make$ sudo make install チェック $ cd /Downloads$ wget http:…

Frequentist vs Bayseianist

あとで勉強しよう: Frequentism and Bayesianism: A Practical Introduction

Linux で環境変数 PATH を上書きしてしまった場合の対処法

Linux で環境変数 PATH を上書きしてしまった場合の対処法How to restore the overwritten $PATH environment variable [環境]大学が管理しているLinuxサーバー(Red Hat)自分のアカウントにログインしていろいろ設定ファイルを修正している際に問題が発生。 …

OS X 再インストール後に再度設定したこと

Yosemite のOS再インストール後の出来事を随時更新。 (1) Command Line tools (2) Download Java for OS X 2015-001 Download Java for OS X 2015-001 ... TOPCATを起動する際にJavaのDLを促すwindowがでてくる。

Mac mini OS再インストール >>>「gccがコンパイルできない」を解決

Mac miniのOSの再インストールをした。すると、cがコンパイルできない。 そこで、自分の過去の記事http://would-be-astronomer.hatenablog.com/entry/2014/12/24/022813を元に、環境の復元を行った。(大したことはなかった) (症状1) $ gcc -o test test.c …

ミシガン大学: アメリカ滞在: J1ビザ: 手続き

2016年7月1日に米国のミシガン大学(University of Michigan)にポスドクとして赴任。任期は事実上2-3年。J-1ビザ。 手続きをほぼ時系列にとってまとめる。目的は自分用の記録+申請漏れを防ぐこと。大雑把に書いて、随時内容を更新する。 (1)研修Part1..事前研…

NTFS for Mac - Yosemite Free

NTFS for Mac - Yosemite Free Mac Yosemiteで、NTFSを読み書きする無料のソフトのインストール方法。 (背景)TOSHIBAのHDD (HD-PD10TK)を利用中、HDDが読み込み専用になってしまった。MacでNTFSフォーマットの読み書きを無料で(+無期限で)行えるソフトをイン…

ipython

(1)図を表示: ファイル(df_1_with_figure.ipynb)の最初に %matplotlib inline と宣言する。 (2)ipythonを起動 $ ipython df_1_with_figure.ipynb

python: pip 8.0.0 のバグ修正

pip が動作しない、壊れた? >> コードを一行修正して解決 (1)環境 MacOSX 10.10 Yosemite python 2.7.11 pip 8.0.0 $ which pip /Users/my_name/anaconda/bin/pip (2)不具合 $ pip install -U pipTraceback (most recent call last): File "/Users/my…

python isochronesのための設定:Open MPI, CMake, mpi4py, MultiNest, PyMultiNest

(1)Open MPIhttp://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.8/から openmpi-1.8.8.tar.gz をダウンロード。解凍。 $ cd openmpi-1.8.8$ ./configure$ make all$ sudo make install (2)CMake$ sudo port install cmake +gui (3)mpi4py [これは pymultinest に必要…

python pandas csvファイルを読み込む

(1) install $ pip install pandas Collecting pandas ....中略.... Successfully installed pandas-0.17.1 (2) 例 import pandas as pd data1 = pd.read_csv('datafile.csv',sep=',') for i in range(len(data1.OBJECT)): if ('U_' in data1.OBJECT[i]): pr…

yosemite [open filesを増やす]

yosemiteを再起動したら、どういうわけかfopenできる最大のファイル数が減った?ようでいままで動いていたプログラムが作動しなくなった。 (1)調べる$ ulimit -a core file size (blocks, -c) 0data seg size (kbytes, -d) unlimitedfile size (blocks, -f) …

leapfrog 法による軌道計算

(1) leapfrog法 - 「Kick-Drift-Kick法」をimplementするために、簡単なKepler問題を解く。 - 重力場:質量1e11 Msunの質点 - 初期条件:(x,y)=(10, 0) kpc, (v_x, v_y)=(0, 100) km/s [eccentricity=0.77] - 積分時間: 1 Gyr - 積分timestep:(a) 1 Myr [1…

mac mini (yosemite) 不具合:Google Japanese Inputが原因か?

mac miniの調子がすこぶる悪い。 (1)セーフモードで起動=起動時に「Shift」を押しておく>>> 起動に2時間近くかかったりする。しばらくは普通に動くのだが、 (2)普通に起動>>> 起動にx時間かかる(x>1) (3)Apple Diagnostics=起動時に「D」を押しておく>>> 「…

python loadtext

data_0= numpy.loadtxt(inputFileName_0, delimiter=' ', comments='#', usecols=range(13)) データの行の末尾が半角スペースになってしまう場合は、読み込むカラムの個数を与える(この場合は13カラム)。

軌道計算アニメーション

ネット上の例にあったもの0.1sec x 10 = 1secごとにパラパラアニメ$ convert -delay 10 ./Pic/*.png test.gif ----- [基本] 自分の場合$ convert -delay 1 1with_bar/*.png 1snapshot_with_bar.gif 例えば 1with_bar というフォルダに複数のpngファイルがあ…

軌道計算の時間単位

googleの検索バーに =(1kpc/km)/(yr/sec)/10^9 と入力すると、0.97781310637を得る。 すなわち、 1kpc/(km/s)=0.978 Gyr

Python いろいろなパッケージのインストール

(1) fitsio $pip install fitsio (2) esutil [ https://github.com/esheldon/esutil ] $ pip install esutil (3) isodist [ ] $ python setup.py build$ python setup.py install (4) periodictable-1.4.1 [ https://pypi.python.org/pypi/periodictable ] $…

lambda式

Pythonの「ラムダ文」が難しいww import scipy.optimize as op def lnprob(theta, ell_data, bee_data): lp = lnprior(theta) if not np.isfinite(lp): return -np.inf return lp + lnlike(theta, ell_data, bee_data) theta=[5.05, 250., -200., 1.1] #探…

galpy事始め

(1)自分の座標系 太陽:(xGC,yGC,zGC)=(-R0, 0, 0) LSR: (vxGC,vyGC,vzGC)=(0, LSR, 0) (2)galpyの座標系 太陽:(xGC_B,yGC_B,zGC_B)=(R0, 0, 0) LSR: (vxGC_B,vyGC_B,vzGC_B)=(0, -LSR, 0) (3)近いうちに、座標系をもう一度確認しよう x_galpy = -xGC vx_ga…

MCMCのPythonライブラリ

macbook air (1)emcee (2)emcee test(3)nose (4)Cython(5)triangle_plot(6)astropy(7)scikit-learn(8)astroML(9)healpy(10)pymc (1)emcee install #air の場合、 pip ではうまくいかなかった。#mini はpipでOK $ easy_install emcee Searching for emceeRead…

権威からのメール

英国の大御所教授からメールが来た。 教授は3月に自分が投稿した論文の査読者になったのだが、あいにくその教授は俺の論文の仮定の甘さを理由に 「こんなひどい論文を通す気にはなれない」 と真っ向から否定された。 知り合いが以前、こういっていた。 「自…

出張メモ

個人用メモ。持ち物をまとめる: [最低限] ・パスポート ・財布(お金/カード) ・眼鏡 [仕事] ・ポスター ・Macbook Air & 充電器 ・携帯電話 & 充電器 [=目覚まし] ・電源プラグのアダプタ ・筆記用具 ・USB [日常] ・e-ticket ・旅程表 ・腕時計 ・家のカ…

画像変換 ImageMagickの周辺事項(convert, pdfcrop)

Imagemagickでいろんなことができるのだと学んだ。(1)convert pdf > eps or level-2 epsなどができる。 $ convert test.pdf test_level1.eps$ convert test.pdf eps2:test_level2.eps (例)圧縮率が違うとこんなに違う・pdf: 0.45MB・level-1 eps: 32MB…

Mac yosemite で convert を使えるようにする

紆余曲折を経て yosemite で convert コマンドが使えるようになった。 いろいろやったので何がうまくいったのかわからんが、最後にやった手順を残しておく。 (0)症状 symptoms$ convert test.pdf test.jpg-bash: convert: command not found $ convert -v…

MacTex2014, TeXShop設定

日本語tex文書を作成するために設定。 以前mactex2012を使っていた頃に(設定を無闇にいじりすぎたせいか)日本語がことごとく文字化けするという現象になやまされていた。今回の設定で文字化けも解消。 (1)MacTex2014をインストール 1. MacTeX-2012をア…

cppcheck インストール

c言語のメモリリークを調べるツールとしてcppcheckをmacに入れてみる。 macbook air OSX 10.7.5 Lion mac mini OSX 10.10 Yosemite の両方に入れた。 手順としてはhomebrewをインストールしてhomebrew経由でcoocheckをインストール。 (1)homebrew をインスト…

Mac mini 設定 [GSL] [gcc47]

mac mini で gsl を使うためにやったこと。 OpenMPを使う前提で、gcc47 をMacports 経由で入れた。さらに、gsl のオプション -I/usr/local/include を省略するために.bash_profile に加筆をした。 (1) gcc47 のインストール $ gcc -vConfigured with: --pref…

youtube で OpenMP

Introduction to OpenMP - Tim Mattson (Intel) 単なる学習記録: 全部でビデオクリップは27本。1つ10分程度。 12/28は Introduction to OpenMP: 01 Introduction - YouTube から。 12/29 は Introduction to OpenMP: 05 Module 3 - YouTube から。 12/30は…

並列計算:OpenMP

並列計算を行う必要がありそうなので、OpenMPを勉強することにした。自分に必要なリンクなどをまとめる。 [1]教材 ・C言語によるOpenMP入門(当面はこれ) http://www.cc.u-tokyo.ac.jp/support/press/news/VOL9/special/9.pdf # Vol.9 特集号(2008年2月) […

Mac mini 初期設定

mac mini (OSX 10.10 Yosemite)を設定。以前macbook airでやったのと似ている。 ☆gcc, gnuplot, gsl, tex の環境設定 [備忘録] (1) 「Xcode」のインストール App Store よりXcode をインストール。 バックグラウンドでやられたので所要時間不明。 DLの経過は…

研究で悩んだときの簡単なガイドライン

利根川進が、ある研究所の雰囲気を 「超一流の研究以外は眼中にない」 という表現で描写していた。 あるブログで、いい研究室の目安として 「この先伸びそうな分野の研究を精力的にやっている」 という表現が使われていた。 自分は博士課程の頃、「自分が"ア…

誰かの席に座るということ

博士課程3年の頃、仙台に出張する機会があった。天文学の研究グループの前で研究発表をする機会を得たのだ。 その大学には仲のよい友人がいたのだが、ちょうど彼も出張中であったので、数日の滞在中ずっと彼のデスクを使わせてもらった。 彼のデスクは非常…

名誉教授との語らい

今日のランチは、庭で名誉教授のD先生と食べた。 いろんな昔話をしてくれたが、自分の英語力のなさで理解不能なところもたくさんあった。貴重なことなのでメモしておく。笑 メモ: ・first memory: 果樹園の近くで通りに出てみんなが楽器をならしている ・イ…

翻訳の翻訳

Google翻訳を使って 英語E1→日本語J1 日本語J1→英語E2 のように「翻訳の翻訳」を行うと、「英語E1」と「英語E2」は必ずしも一致しない。それどころか、さらに 英語E2→日本語J2 日本語J2→英語E3 ...... と繰り返すと、だいたいとんでもないことになる。 ==…

Sharpen the saw

dynamicsをやるために渡英したようなものだから、数学の力はしっかりと磨かないと行けない。そうした意味で、今日昨日とで大きな前進をした。 今日は臨時のコロキウムにも出たりしたが、昨日(8:10からゼミ)の疲れもあったのでいつもより短い時間だけ仕事をし…

情熱の貯金

ようやくこちらに来てからの研究の方向性と、熱意が貯まってきた。 雑事がいくつかあるものの、このテンションは守り抜き、一気呵成に研究を仕上げたい。 というのも、研究には鮮度があるからだ。鮮度を決めるものには2種類ある。 ・業界のトレンド ・自分…

first talk

23(水)のトークはずいぶんうまくいった。 成功体験として一応やったことをまとめておく。 やったことリスト: 4/3木 プレゼン依頼される。快諾。 (しばらく、とにかく耳をならそうとBBCを聴きまくる。) 4/13日 「How to Succeed as a Scientist」購入。 4/…

イギリス生活2週間

英国に来てから2週間たったけれど、やっぱ日本にいるより疲れるwwww ていうか、4月から勤め始めたわけだが、 第1週は3日出勤(=すべて出勤。) 第2週は4日出勤(金曜日に心身ともにダウンww) 第3週は3日出勤(本日水曜を休み、明日は行く予定。金…

英国VISA (Tier 5) 海外学振

2014年4月から2年間Cambridge大学で研究員(ポスドク)をするにあたり、英国滞在のためのビザ申請を行った。 自分もたくさんのブログなどから有益な情報を得たので、今回の申請をまとめてみることにする。 いろいろやることが多いので、ざっと書きつつ、あ…

Time Capsule を使って Time Machine の設定をする「備忘録」

mac

mac book air の研究データをタイムカプセルにバックアップする設定。 設定は日本でやるけど、海外とか出張先でもタイムカプセルは使いたい。 そういうことできるのか、説明書読んでもよくわからない。友人の手助けもあってなんとかなった、その記録。 結局…