Installing haply

Binary installation with conda (RECOMMENDED) $ conda config --add channels conda-forge$ conda install healpy

Python matplotlib figure size

matplotlib におけるサイズ(inch, dpi)を調べる方法。 fig = pyplot.gcf()size = fig.get_size_inches()*fig.dpiprint(fig.dpi)print(fig.get_size_inches()) --- 72.0[ 6. 4.] ++++++ 逆にこれらを設定したいときは pyplot.rcParams['figure.dpi'] = 72 #…

情報理論

情報理論(エントロピーなど)の有益な講義資料 -- by 井上 純一 先生 https://ocw.hokudai.ac.jp/wp-content/uploads/2016/01/InformationTheory-2005-Note-11.pdf https://ocw.hokudai.ac.jp/wp-content/uploads/2016/01/InformationTheory-2005-Note-12.pdf…

symbolic linkをはる

$ ps2pdf 20171123_paper.psdyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libgs.9.22.dylib Referenced from: /opt/local/bin/gs Reason: image not foundAbort trap: 6 と突然ライブラリが使えなくなった。調べると、ライブラリがアップデートされている。 $ …

tensorflow installation

Following https://www.tensorflow.org/install/install_mac and some advice on pip written at https://github.com/certbot/certbot/issues/2850 I installed tensorflow: $ pip uninstall virtualenv$ conda install virtualenv Here I use " ~/tensorflo…

schwimmbad インストール

$ conda install -c conda-forge schwimmbadSolving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.4.8 latest version: 4.4.10 Please update conda by running $ conda update -n base conda ## Package Plan …

install mpi4py on MacPro

Anacondaを使って、Mac Pro にmpi4pyをインストール。 $ conda install -c anaconda mpi4py Fetching package metadata ...............Solving package specifications: . Package plan for installation in environment /Users/_my_username_/anaconda: Th…

ディレクトリだけ表示 ls -l | grep ^d

mac でディレクトリだけls する方法 $ ls -l | grep ^d 参考 http://blog.taikomatsu.com/2013/10/09/linux-ls-dir/comment-page-1/

Terminalでcpuをモニターする

Terminalで $ top -F -R -o cpu とすると、cpuの利用され具合がリアルタイムで表示される。 これはsshでログインしている際などに便利。

海外旅行: 銀行に旅行を伝えておく

海外旅行を事前に銀行に伝えておくと、transactionに支障が出にくい。 'travel notice'でgoogle検索すると、公式twitterが出てきた。いわく、PNC bankの場合、Debit cardでログインして下記のようにタブをたどると、旅行を登録できる。 go to Cust Serv tab>…

ssh でjobをバックグラウンドで走らせる

$ ssh -Y xxxx@xxx.xxx.-------.xxx.edu $ cd$ bash$ source .bash_profile ..... これでbashが使える。 $ cd [some directory]$ nohup sh XXXXX.sh > out.log 2> err.log < /dev/null & ..... これでsshをログアウトしてもjobは走り続ける。

Mathematica をコマンドで走らせる

$ ssh -Y k*****@****.edu /Applications/Mathematica.app/Contents/MacOS/MathKernel リモートでMathematicaが使えるようになる。

gala インストール

$ pip install astro-galaCollecting astro-gala Downloading astro-gala-0.1.3.tar.gz (1.1MB) 100% |████████████████████████████████| 1.1MB 229kB/s Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): astropy in /usr/local/anaconda/lib/py…

sshでログインしてシェルを変更する

<目的> 大学のパソコンにsshで入ったのちに、bashに切り替える。そして、".bash_profile" の中でPATHが定義されているanacondaを使えるようにする。 (1)ログイン時のシェルを調べる % echo $SHELL/bin/tcsh === tcshであることがわかる。 (2)利用できるシェ…

mac Pro 初期設定 Anaconda emcee corner PyGaia GSL

(1) Anaconda インストールhttps://www.continuum.io/downloads - Download the graphical installer- Double-click the downloaded .pkg file and follow the instructions これで全部完了。 (2) emcee [事前準備][terminal] デフォルト:/bin/tcshを以下に…

Spotlightが容量を300GB使っている

急速にmac miniのデータ容量が減ってきたので、調べたところ、Spotlightが容量を300GB使っていることが判明。そこで、対象ファイルを削除した。 [step 1] $ df -h Filesystem Size Used Avail Capacity iused ifree %iused Mounted on/dev/disk2 1.0Ti 1.0Ti…

opencv をYosemiteにインストール

参考にしたサイト: http://www.mobileway.net/2015/02/14/install-opencv-for-python-on-mac-os-x/ (1) $ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" (2) $ brew update (3)$ brew tap homebrew/science …

TexShop でアメリカ英語・イギリス英語のきりかえ

TexShopにはスペルチェック機能が付いている。 アメリカの雑誌に投稿する論文はAmerican English、 イギリスの雑誌に投稿する論文はBritish English、 というようにするには、documentの文頭を以下のようにすれば良い。 アメリカ % !TEX spellcheck = en-US …

wget を Mas OS X Yosemite にインストール

wget を Mac OS X Yosemiteにインストール。 $ curl -O http://ftp.gnu.org/gnu/wget/wget-1.16.3.tar.gz$ tar -zxvf wget-1.16.3.tar.gz $ cd wget-1.16.3$ ./configure --with-ssl=openssl$ make$ sudo make install チェック $ cd /Downloads$ wget http:…

Frequentist vs Bayseianist

あとで勉強しよう: Frequentism and Bayesianism: A Practical Introduction

Linux で環境変数 PATH を上書きしてしまった場合の対処法

Linux で環境変数 PATH を上書きしてしまった場合の対処法How to restore the overwritten $PATH environment variable [環境]大学が管理しているLinuxサーバー(Red Hat)自分のアカウントにログインしていろいろ設定ファイルを修正している際に問題が発生。 …

OS X 再インストール後に再度設定したこと

Yosemite のOS再インストール後の出来事を随時更新。 (1) Command Line tools (2) Download Java for OS X 2015-001 Download Java for OS X 2015-001 ... TOPCATを起動する際にJavaのDLを促すwindowがでてくる。

Mac mini OS再インストール >>>「gccがコンパイルできない」を解決

Mac miniのOSの再インストールをした。すると、cがコンパイルできない。 そこで、自分の過去の記事http://would-be-astronomer.hatenablog.com/entry/2014/12/24/022813を元に、環境の復元を行った。(大したことはなかった) (症状1) $ gcc -o test test.c …

ミシガン大学: アメリカ滞在: J1ビザ: 手続き

2016年7月1日に米国のミシガン大学(University of Michigan)にポスドクとして赴任。任期は事実上2-3年。J-1ビザ。 手続きをほぼ時系列にとってまとめる。目的は自分用の記録+申請漏れを防ぐこと。大雑把に書いて、随時内容を更新する。 (1)研修Part1..事前研…

NTFS for Mac - Yosemite Free

NTFS for Mac - Yosemite Free Mac Yosemiteで、NTFSを読み書きする無料のソフトのインストール方法。 (背景)TOSHIBAのHDD (HD-PD10TK)を利用中、HDDが読み込み専用になってしまった。MacでNTFSフォーマットの読み書きを無料で(+無期限で)行えるソフトをイン…

ipython

(1)図を表示: ファイル(df_1_with_figure.ipynb)の最初に %matplotlib inline と宣言する。 (2)ipythonを起動 $ ipython df_1_with_figure.ipynb

python: pip 8.0.0 のバグ修正

pip が動作しない、壊れた? >> コードを一行修正して解決 (1)環境 MacOSX 10.10 Yosemite python 2.7.11 pip 8.0.0 $ which pip /Users/my_name/anaconda/bin/pip (2)不具合 $ pip install -U pipTraceback (most recent call last): File "/Users/my…

python isochronesのための設定:Open MPI, CMake, mpi4py, MultiNest, PyMultiNest

(1)Open MPIhttp://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.8/から openmpi-1.8.8.tar.gz をダウンロード。解凍。 $ cd openmpi-1.8.8$ ./configure$ make all$ sudo make install (2)CMake$ sudo port install cmake +gui (3)mpi4py [これは pymultinest に必要…

python pandas csvファイルを読み込む

(1) install $ pip install pandas Collecting pandas ....中略.... Successfully installed pandas-0.17.1 (2) 例 import pandas as pd data1 = pd.read_csv('datafile.csv',sep=',') for i in range(len(data1.OBJECT)): if ('U_' in data1.OBJECT[i]): pr…

yosemite [open filesを増やす]

yosemiteを再起動したら、どういうわけかfopenできる最大のファイル数が減った?ようでいままで動いていたプログラムが作動しなくなった。 (1)調べる$ ulimit -a core file size (blocks, -c) 0data seg size (kbytes, -d) unlimitedfile size (blocks, -f) …