opencv をYosemiteにインストール

参考にしたサイト:

http://www.mobileway.net/2015/02/14/install-opencv-for-python-on-mac-os-x/

 

(1)
$ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

(2)
$ brew update

(3)
$ brew tap homebrew/science

(4)
$ brew install opencv

出力結果の最後は以下の通り:

Possible conflicting files are:
/usr/local/bin/f2py
==> Caveats
If you use system python (that comes - depending on the OS X version -
with older versions of numpy, scipy and matplotlib), you may need to
ensure that the brewed packages come earlier in Python's sys.path with:
mkdir -p /Users/[my_name]/.local/lib/python2.7/site-packages
echo 'import sys; sys.path.insert(1, "/usr/local/lib/python2.7/site-packages")' >> /Users/[my_name]/.local/lib/python2.7/site-packages/homebrew.pth
==> Summary
🍺 /usr/local/Cellar/numpy/1.11.2: 433 files, 9.1M
==> Installing homebrew/science/opencv
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles-science/opencv-2.4.13_3.yosemite.bottle.tar.gz
######################################################################## 100.0%
==> Pouring opencv-2.4.13_3.yosemite.bottle.tar.gz
🍺 /usr/local/Cellar/opencv/2.4.13_3: 276 files, 35.7M


と出てきた。

(5)
上記の情報を参考に、.bash_profile の末尾に下記を書き込む:

$ cd
$ vi .bash_profile

#================================
# Added by [my_name] when installing opencv
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/local/Cellar/opencv/2.4.13_3/lib/python2.7/site-packages
#================================

(6)
$ source .bash_profile

(7)確認
$ python -c ‘import cv2’

TexShop でアメリカ英語・イギリス英語のきりかえ

TexShopにはスペルチェック機能が付いている。

アメリカの雑誌に投稿する論文はAmerican English

イギリスの雑誌に投稿する論文はBritish English、

というようにするには、documentの文頭を以下のようにすれば良い。

 

アメリカ

% !TEX spellcheck = en-US

イギリス

% !TEX spellcheck = en-UK

 

wget を Mas OS X Yosemite にインストール

wgetMac OS X Yosemiteにインストール。


$ curl -O http://ftp.gnu.org/gnu/wget/wget-1.16.3.tar.gz
$ tar -zxvf wget-1.16.3.tar.gz

$ cd wget-1.16.3
$ ./configure --with-ssl=openssl
$ make
$ sudo make install


チェック

$ cd /Downloads
$ wget http://ftp.gnu.org/gnu/wget/wget-1.15.tar.gz

--2016-09-14 13:22:04-- http://ftp.gnu.org/gnu/wget/wget-1.15.tar.gz
Resolving ftp.gnu.org (ftp.gnu.org)... 208.118.235.20, 2001:4830:134:3::b
Connecting to ftp.gnu.org (ftp.gnu.org)|208.118.235.20|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 3417936 (3.3M) [application/x-gzip]
Saving to: 'wget-1.15.tar.gz'

wget-1.15.tar.gz 100%[=====================================================================================================================================================================>] 3.26M 2.97MB/s in 1.1s

2016-09-14 13:22:05 (2.97 MB/s) - 'wget-1.15.tar.gz' saved [3417936/3417936]

となったのでwgetが使えるようになっている。

 

Frequentist vs Bayseianist

あとで勉強しよう:

Frequentism and Bayesianism: A Practical Introduction

Linux で環境変数 PATH を上書きしてしまった場合の対処法

Linux環境変数 PATH を上書きしてしまった場合の対処法
How to restore the overwritten $PATH environment variable


[環境]
大学が管理しているLinuxサーバー(Red Hat)
自分のアカウントにログインしていろいろ設定ファイルを修正している際に問題が発生。


[トラブル]
PythonのAnacondaを入れようとして、.cshrc ファイルで

正しくは
# ===correct===
setenv PATH /n/Users/__myname__/anaconda2/bin:${PATH}
# =============

とすべきところを、誤って
# ===wrong===
setenv PATH /n/Users/__myname__/anaconda2/bin
# ===========

としてしまった。

(wrong) だと、PATHが上書き(overwrite)されている。

そのため、
$ more ***
$ mv **** ***

だとか、いろんなコマンドが利用できなくなった。
(例)
mv: Command not found


[解決策]

(1)$HOMEディレクトリ上で
$ bin/vi .cshrc

(2)
vi画面に切り替わるので、まずは上記の「wrong」なPATHの設定部分をコメントアウトする。
===
# wrong!!!
# setenv PATH /n/Users/__myname__/anaconda2/bin #wrong!!!!!
# wrong!!!
===
のようにしたら、viを保存+終了(:wq)する。

(3)
サーバーからログアウトする。

(4)
サーバーに再度ログインする。

(5)$HOMEディレクトリ上で
$ bin/vi .cshrc
として、今度は正しいPATHの設定を書き込む。
#===correct===
setenv PATH /n/Users/__myname__/anaconda2/bin:${PATH}
#=============
のようにしたら、viを保存+終了(:wq)する。

(6)$HOMEディレクトリ上で
$ source .cshrc
とすれば完了。

(7)確認
$ echo $PATH
/n/Users/__myname__/anaconda2/bin:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin


====
[番外]
どうやってviを見つけたか。

$HOMEディレクトリ上で、

$ cd /bin/
と押したあと、タブキーを押す。つまり、
$ cd /bin/[__Press_Tab_Key__]
とすると、

cd /bin/
alsaunmute* cgset* dbus-cleanup-sockets* echo* gettext* kill* mailx* nisdomainname@ rmdir* stty* true* zcat*
arch* cgsnapshot* dbus-daemon* ed* grep* link* mkdir* ping* rnano@ su* ulockmgr_server*
awk@ chgrp* dbus-monitor* egrep@ gtar@ ln* mknod* ping6* rpm* sync* umount*
basename* chmod* dbus-send* env* gunzip* loadkeys* mktemp* plymouth* rvi@ tar* uname*
bash* chown* dbus-uuidgen* ex@ gzip* logger* more* ps* rview@ taskset* unicode_start*
cat* cp* dd* false* hostname* login* mount* pwd* sed* tcsh* unicode_stop*
cgclassify* cpio* df* fgrep@ ipcalc* ls* mountpoint* raw* setfont* touch* unlink*
cgcreate* csh@ dmesg* find* iptables-xml@ lsblk* mv* readlink* setserial* tracepath* usleep*
cgdelete* cut* dnsdomainname@ findmnt* iptables-xml-1.4.7@ lscgroup* nano* red* sh@ tracepath6* vi*
cgexec* dash* domainname@ fusermount* kbd_mode* lssubsys* netstat* redhat_lsb_init* sleep* traceroute* view@
cgget* date* dumpkeys* gawk* keyctl* mail@ nice* rm* sort* traceroute6@ ypdomainname@

といろいろ出てくる。ここで「vi」を見つけた。

 

OS X 再インストール後に再度設定したこと

Yosemite のOS再インストール後の出来事を随時更新。

 

(1) Command Line tools

 

(2) Download Java for OS X 2015-001

Download Java for OS X 2015-001

... TOPCATを起動する際にJavaのDLを促すwindowがでてくる。

 

 

 

 

 

 

 

 

Mac mini OS再インストール >>>「gccがコンパイルできない」を解決

Mac miniのOSの再インストールをした。
すると、cがコンパイルできない。

そこで、自分の過去の記事
http://would-be-astronomer.hatenablog.com/entry/2014/12/24/022813
を元に、環境の復元を行った。(大したことはなかった)

(症状1)
$ gcc -o test test.c -lgsl -lgslcblas -lm
fatal error: stdio.h: No such file or directory

そこで、gcc とかの設定が失われているのではと思い、調べて見る。

$ gcc -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/local/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14/4.7.4/lto-wrapper
Target: x86_64-apple-darwin14
Configured with: /opt/local/var/macports/build/_opt_mports_dports_lang_gcc47/gcc47/work/gcc-4.7.4/configure --prefix=/opt/local --build=x86_64-apple-darwin14 --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,lto,fortran,java --libdir=/opt/local/lib/gcc47 --includedir=/opt/local/include/gcc47 --infodir=/opt/local/share/info --mandir=/opt/local/share/man --datarootdir=/opt/local/share/gcc-4.7 --with-libiconv-prefix=/opt/local --with-local-prefix=/opt/local --with-system-zlib --disable-nls --program-suffix=-mp-4.7 --with-gxx-include-dir=/opt/local/include/gcc47/c++/ --with-gmp=/opt/local --with-mpfr=/opt/local --with-mpc=/opt/local --with-ppl=/opt/local --with-cloog=/opt/local --enable-cloog-backend=isl --disable-cloog-version-check --enable-stage1-checking --disable-multilib --enable-lto --enable-libstdcxx-time --with-as=/opt/local/bin/as --with-ld=/opt/local/bin/ld --with-ar=/opt/local/bin/ar --with-bugurl=https://trac.macports.org/newticket --disable-ppl-version-check --with-pkgversion='MacPorts gcc47 4.7.4_3'
Thread model: posix
gcc version 4.7.4 (MacPorts gcc47 4.7.4_3)

という結果を得て、どうもgccには問題ない模様。

つぎに、
$ xcode-select -p
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer
この結果は自分の過去の記事と同じ。

$ xcode-select --install
xcode-select: note: install requested for command line developer tools
この結果は、「command line developer tools」がインストールされていないことを示唆。
そのまま待つと、インストールしますか?的に聞かれるのでYesとする。
2 minほどでインストール完了。

その後、試しに以下のように打つ。
$ xcode-select --install
xcode-select: error: command line tools are already installed, use "Software Update" to install updates
インストールができていることがわかる。

念のため、新しいterminalを立ち上げて、home directoryで
$ source .bash_profile
を行う。

すると、今度はコンパイルができた。

$ gcc -o bessel_example_1_val_and_err bessel_example_1_val_and_err.c -lgsl -lgslcblas -lm
$ ./bessel_example_1_val_and_err
status = success
J0(5.0) = -0.177596771314338264
+/- 0.000000000000000193
exact = -0.177596771314338292